Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
BRCA1P38398 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
BRCA1P38398 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
BRCA1P38398 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC26.52■■□□□ 1.84
BRCA1P38398 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
BRCA1P38398 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
BRCA1P38398 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
BRCA1P38398 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
BRCA1P38398 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
BRCA1P38398 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC26.51■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC26.5■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 FAM98C-201ENST00000252530 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 FAM98C-205ENST00000588262 826 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.48■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC26.47■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 C6orf132-202ENST00000356542 894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.83
BRCA1P38398 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.4 ms