Protein–RNA interactions for Protein: P34896

SHMT1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1P34896 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
SHMT1P34896 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SHMT1P34896 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms