Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 CACTIN-202ENST00000248420 2671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SMARCAL1Q9NZC9 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SMARCAL1Q9NZC9 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms