Protein–RNA interactions for Protein: Q9HC56

PCDH9, Protocadherin-9, humanhuman

Predictions only

Length 1,237 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDH9Q9HC56 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
PCDH9Q9HC56 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PCDH9Q9HC56 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms