Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
VPS39Q96JC1 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS39Q96JC1 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms