Protein–RNA interactions for Protein: Q53F19

NCBP3, Nuclear cap-binding protein subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 620 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NCBP3Q53F19 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AC090142.2-201ENST00000483263 416 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
NCBP3Q53F19 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 RN7SL275P-201ENST00000582762 335 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC28.1■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC28.09■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
NCBP3Q53F19 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 GULP1-204ENST00000409637 1242 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 AL355338.1-201ENST00000612598 913 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
NCBP3Q53F19 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms