Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 MDK-205ENST00000405308 1166 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
CLN3Q13286 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 LGALS7-201ENST00000378626 466 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
CLN3Q13286 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
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