Protein–RNA interactions for Protein: P39060

COL18A1, Collagen alpha-1(XVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,754 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL18A1P39060 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL18A1P39060 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL18A1P39060 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms