Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
SMARCAL1Q9NZC9 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 RAB1B-201ENST00000311481 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SMARCAL1Q9NZC9 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms