Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
RPF1Q9H9Y2 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC23.32■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RPF1Q9H9Y2 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms