Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC27.51■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC27.51■■■□□ 2
CHMP4AQ9BY43 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
CHMP4AQ9BY43 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CHMP4AQ9BY43 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms