Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.03■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
CCDC3Q9BQI4 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ST8SIA2-201ENST00000268164 5708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC3Q9BQI4 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC20.96■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms