Protein–RNA interactions for Protein: Q8WYN0

ATG4A, Cysteine protease ATG4A, humanhuman

Predictions only

Length 398 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4AQ8WYN0 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG4AQ8WYN0 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG4AQ8WYN0 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG4AQ8WYN0 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG4AQ8WYN0 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
ATG4AQ8WYN0 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
ATG4AQ8WYN0 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
ATG4AQ8WYN0 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms