Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC32.74■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC32.74■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC32.73■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC32.73■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC32.73■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC32.73■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC32.73■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC32.73■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC32.72■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC32.71■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC32.71■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.71■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC32.7■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.7■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.69■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.68■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC32.67■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC32.66■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC32.66■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC32.66■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC32.66■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC32.66■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC32.66■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC32.65■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC32.65■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC32.64■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC32.64■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC32.64■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC32.64■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC32.64■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC32.64■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.64■■■□□ 2.82
TCOF1Q13428 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC32.63■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC32.63■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC32.63■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.63■■■□□ 2.81
TCOF1Q13428 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.62■■■□□ 2.81
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