Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 COX6C-208ENST00000522940 694 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 AC005786.3-201ENST00000589360 565 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
COL4A4P53420 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 PRORSD1P-201ENST00000295112 541 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 PRORSD1P-203ENST00000579162 626 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.31
COL4A4P53420 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL4A4P53420 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.2 ms