Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC26.7■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC26.7■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC26.7■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC26.69■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.66■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC26.66■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC26.64■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
BRCA1P38398 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC26.62■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
BRCA1P38398 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms