Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
USP3Q9Y6I4 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms