Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 FNDC5-207ENST00000640867 639 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
SHANK3Q9BYB0 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 EIF2AK4-209ENST00000560648 687 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
SHANK3Q9BYB0 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms