Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
VPS35Q96QK1 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
VPS35Q96QK1 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.4 ms