Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
CHMP4CQ96CF2 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 SH3RF3-201ENST00000309415 5803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CHMP4CQ96CF2 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.4 ms