Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 LGR4-202ENST00000389858 5163 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC25.39■■□□□ 1.66
SYNE3Q6ZMZ3 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
SYNE3Q6ZMZ3 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms