Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
COL4A3Q01955 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
COL4A3Q01955 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.8 ms