Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
HDAC4P56524 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms