Protein–RNA interactions for Protein: Q9HD42

CHMP1A, Charged multivesicular body protein 1a, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 196 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP1AQ9HD42 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
CHMP1AQ9HD42 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP1AQ9HD42 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
CHMP1AQ9HD42 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
CHMP1AQ9HD42 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP1AQ9HD42 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
CHMP1AQ9HD42 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP1AQ9HD42 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP1AQ9HD42 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
CHMP1AQ9HD42 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP1AQ9HD42 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CHMP1AQ9HD42 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CHMP1AQ9HD42 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
CHMP1AQ9HD42 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 AC005524.1-203ENST00000586528 451 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHMP1AQ9HD42 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 NKX1-1-201ENST00000422806 1236 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CHMP1AQ9HD42 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CHMP1AQ9HD42 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CHMP1AQ9HD42 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CHMP1AQ9HD42 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CHMP1AQ9HD42 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
CHMP1AQ9HD42 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP1AQ9HD42 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
CHMP1AQ9HD42 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP1AQ9HD42 AP001107.7-201ENST00000533287 272 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
CHMP1AQ9HD42 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP1AQ9HD42 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
CHMP1AQ9HD42 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
CHMP1AQ9HD42 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP1AQ9HD42 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
CHMP1AQ9HD42 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP1AQ9HD42 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP1AQ9HD42 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CHMP1AQ9HD42 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP1AQ9HD42 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CHMP1AQ9HD42 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
CHMP1AQ9HD42 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 HMGB1-205ENST00000399494 1282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
CHMP1AQ9HD42 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
CHMP1AQ9HD42 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms