Protein–RNA interactions for Protein: Q15843

NEDD8, NEDD8, humanhuman

Predictions only

Length 81 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEDD8Q15843 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
NEDD8Q15843 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
NEDD8Q15843 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
NEDD8Q15843 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
NEDD8Q15843 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
NEDD8Q15843 AL136373.1-201ENST00000634804 1449 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
NEDD8Q15843 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
NEDD8Q15843 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NEDD8Q15843 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
NEDD8Q15843 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
NEDD8Q15843 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
NEDD8Q15843 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
NEDD8Q15843 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NEDD8Q15843 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
NEDD8Q15843 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NEDD8Q15843 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
NEDD8Q15843 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
NEDD8Q15843 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
NEDD8Q15843 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
NEDD8Q15843 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
NEDD8Q15843 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
NEDD8Q15843 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
NEDD8Q15843 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
NEDD8Q15843 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
NEDD8Q15843 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
NEDD8Q15843 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
NEDD8Q15843 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
NEDD8Q15843 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
NEDD8Q15843 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
NEDD8Q15843 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
NEDD8Q15843 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
NEDD8Q15843 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
NEDD8Q15843 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
NEDD8Q15843 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC24.58■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
NEDD8Q15843 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEDD8Q15843 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEDD8Q15843 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
NEDD8Q15843 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
NEDD8Q15843 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
NEDD8Q15843 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
NEDD8Q15843 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms