Protein–RNA interactions for Protein: P46779

RPL28, 60S ribosomal protein L28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPL28P46779 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPL28P46779 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
RPL28P46779 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
RPL28P46779 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPL28P46779 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPL28P46779 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
RPL28P46779 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
RPL28P46779 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
RPL28P46779 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPL28P46779 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPL28P46779 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
RPL28P46779 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
RPL28P46779 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPL28P46779 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPL28P46779 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPL28P46779 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPL28P46779 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPL28P46779 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPL28P46779 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPL28P46779 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPL28P46779 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPL28P46779 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPL28P46779 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPL28P46779 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPL28P46779 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPL28P46779 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPL28P46779 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPL28P46779 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPL28P46779 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPL28P46779 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPL28P46779 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
RPL28P46779 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPL28P46779 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPL28P46779 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPL28P46779 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
RPL28P46779 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPL28P46779 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPL28P46779 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
RPL28P46779 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
RPL28P46779 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
RPL28P46779 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.42
RPL28P46779 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPL28P46779 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPL28P46779 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.65■□□□□ 0.42
RPL28P46779 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.42
RPL28P46779 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPL28P46779 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPL28P46779 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
RPL28P46779 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
RPL28P46779 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
RPL28P46779 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
RPL28P46779 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPL28P46779 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
RPL28P46779 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPL28P46779 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPL28P46779 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPL28P46779 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
RPL28P46779 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
RPL28P46779 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.41
RPL28P46779 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPL28P46779 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPL28P46779 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPL28P46779 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.59■□□□□ 0.41
RPL28P46779 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPL28P46779 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPL28P46779 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC17.58■□□□□ 0.4
RPL28P46779 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC17.58■□□□□ 0.4
RPL28P46779 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPL28P46779 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPL28P46779 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPL28P46779 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC17.57■□□□□ 0.4
RPL28P46779 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPL28P46779 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPL28P46779 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPL28P46779 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPL28P46779 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPL28P46779 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPL28P46779 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC17.56■□□□□ 0.4
RPL28P46779 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPL28P46779 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC17.55■□□□□ 0.4
RPL28P46779 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPL28P46779 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPL28P46779 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPL28P46779 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPL28P46779 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
RPL28P46779 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.4
RPL28P46779 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
RPL28P46779 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.52■□□□□ 0.39
RPL28P46779 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPL28P46779 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
RPL28P46779 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
RPL28P46779 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPL28P46779 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPL28P46779 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPL28P46779 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPL28P46779 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
RPL28P46779 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPL28P46779 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPL28P46779 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
RPL28P46779 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms