Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 CTDSP2-204ENST00000548823 1368 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 INS-203ENST00000397262 639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 AC007040.1-201ENST00000416229 477 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
CCDC9Q9Y3X0 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC29■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC28.96■■■□□ 2.23
CCDC9Q9Y3X0 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.1 ms