Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC28.46■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
SHANK3Q9BYB0 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC28.41■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.14
SHANK3Q9BYB0 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms