Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
PTPN4P29074 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.7 ms