Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD9P28356 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD9P28356 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms