Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.99
CCDC3Q9BQI4 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CCDC3Q9BQI4 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC21.17■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms