Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SKA1Q96BD8 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.6 ms