Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.69■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
PTPN4P29074 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.4 ms