Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
SMARCA1P28370 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
SMARCA1P28370 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms