Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
COL3A1P02461 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC29■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC28.98■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.98■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC28.97■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC28.96■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC28.96■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.23
COL3A1P02461 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
COL3A1P02461 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms