Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SDC3O75056 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SDC3O75056 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SDC3O75056 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SDC3O75056 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SDC3O75056 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
SDC3O75056 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SDC3O75056 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SDC3O75056 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SDC3O75056 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SDC3O75056 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SDC3O75056 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
SDC3O75056 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SDC3O75056 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SDC3O75056 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SDC3O75056 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SDC3O75056 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SDC3O75056 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
SDC3O75056 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
SDC3O75056 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
SDC3O75056 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
SDC3O75056 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SDC3O75056 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SDC3O75056 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.32■■□□□ 1
SDC3O75056 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
SDC3O75056 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
SDC3O75056 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SDC3O75056 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SDC3O75056 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SDC3O75056 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC21.31■■□□□ 1
SDC3O75056 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SDC3O75056 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
SDC3O75056 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
SDC3O75056 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SDC3O75056 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SDC3O75056 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SDC3O75056 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SDC3O75056 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
SDC3O75056 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SDC3O75056 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SDC3O75056 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SDC3O75056 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SDC3O75056 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SDC3O75056 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SDC3O75056 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SDC3O75056 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SDC3O75056 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
SDC3O75056 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SDC3O75056 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.3■■□□□ 1
SDC3O75056 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
SDC3O75056 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
SDC3O75056 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
SDC3O75056 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC3O75056 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC3O75056 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC3O75056 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SDC3O75056 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SDC3O75056 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SDC3O75056 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC21.27■■□□□ 1
SDC3O75056 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SDC3O75056 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC3O75056 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
SDC3O75056 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
SDC3O75056 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.6 ms