Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

Predictions only

Length 608 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TDP1Q9NUW8 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TDP1Q9NUW8 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.9 ms