Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SKA1Q96BD8 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SKA1Q96BD8 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SKA1Q96BD8 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms