Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP54Q70EL1 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC29.51■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC29.47■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 ZNF696-204ENST00000520333 605 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
USP54Q70EL1 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.43■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
USP54Q70EL1 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.42■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms