Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
LIG3P49916 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIG3P49916 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIG3P49916 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
LIG3P49916 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIG3P49916 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIG3P49916 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIG3P49916 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIG3P49916 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIG3P49916 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIG3P49916 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIG3P49916 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIG3P49916 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIG3P49916 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
LIG3P49916 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIG3P49916 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIG3P49916 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIG3P49916 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIG3P49916 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIG3P49916 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
LIG3P49916 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 PPP1R3F-201ENST00000055335 3421 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
LIG3P49916 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIG3P49916 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIG3P49916 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.23
LIG3P49916 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG3P49916 TMEM44-204ENST00000392432 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG3P49916 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG3P49916 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG3P49916 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG3P49916 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG3P49916 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG3P49916 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG3P49916 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG3P49916 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG3P49916 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
LIG3P49916 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG3P49916 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG3P49916 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG3P49916 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG3P49916 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG3P49916 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG3P49916 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG3P49916 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG3P49916 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG3P49916 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG3P49916 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG3P49916 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
LIG3P49916 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
LIG3P49916 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
LIG3P49916 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
LIG3P49916 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms