Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TNFRSF4P43489 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
TNFRSF4P43489 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
TNFRSF4P43489 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 184.6 ms