Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC29.24■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC29.23■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.23■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
HOXC9P31274 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC29.18■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC29.17■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC29.16■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
HOXC9P31274 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms