Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC21.78■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
PTPN4P29074 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
PTPN4P29074 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.2 ms