Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 STX4-201ENST00000313843 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CHMP3Q9Y3E7 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
CHMP3Q9Y3E7 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68 ms