Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.63
CCDC39Q9UFE4 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC39Q9UFE4 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC39Q9UFE4 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms