Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC20.39■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.39■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC20.39■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC20.38■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC20.36■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 ZNF510-203ENST00000375231 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC20.34■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
KLHL28Q9NXS3 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC20.33■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC20.33■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
KLHL28Q9NXS3 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms