Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHHQ15465 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHHQ15465 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SHHQ15465 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHHQ15465 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHHQ15465 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHHQ15465 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHHQ15465 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
SHHQ15465 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
SHHQ15465 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHHQ15465 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHHQ15465 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHHQ15465 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
SHHQ15465 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHHQ15465 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SHHQ15465 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 PTP4A3-204ENST00000521578 1717 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SHHQ15465 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
SHHQ15465 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHHQ15465 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHHQ15465 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHHQ15465 SERF1A-201ENST00000317633 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHHQ15465 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
SHHQ15465 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHHQ15465 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHHQ15465 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SHHQ15465 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHHQ15465 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHHQ15465 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHHQ15465 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHHQ15465 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHHQ15465 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
SHHQ15465 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHHQ15465 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHHQ15465 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHHQ15465 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
SHHQ15465 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
SHHQ15465 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC23.8■■□□□ 1.4
SHHQ15465 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHHQ15465 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHHQ15465 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHHQ15465 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHHQ15465 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHHQ15465 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHHQ15465 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHHQ15465 GCSHP5-201ENST00000443090 522 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
SHHQ15465 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHHQ15465 AC009506.1-201ENST00000418474 1494 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHHQ15465 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
SHHQ15465 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHHQ15465 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHHQ15465 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHHQ15465 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHHQ15465 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHHQ15465 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHHQ15465 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHHQ15465 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SHHQ15465 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHHQ15465 ZNF580-201ENST00000325333 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHHQ15465 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHHQ15465 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHHQ15465 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHHQ15465 CRIP2-202ENST00000483017 1176 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHHQ15465 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHHQ15465 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHHQ15465 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHHQ15465 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHHQ15465 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SHHQ15465 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHHQ15465 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHHQ15465 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHHQ15465 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHHQ15465 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SHHQ15465 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
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