Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC20.04■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
LIMS1P48059 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
LIMS1P48059 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms