Protein–RNA interactions for Protein: P43246

MSH2, DNA mismatch repair protein Msh2, humanhuman

Predictions only

Length 934 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH2P43246 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
MSH2P43246 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
MSH2P43246 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
MSH2P43246 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSH2P43246 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSH2P43246 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSH2P43246 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSH2P43246 ZXDC-201ENST00000336332 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSH2P43246 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSH2P43246 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSH2P43246 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSH2P43246 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSH2P43246 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
MSH2P43246 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSH2P43246 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSH2P43246 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSH2P43246 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSH2P43246 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSH2P43246 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
MSH2P43246 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSH2P43246 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSH2P43246 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSH2P43246 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSH2P43246 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSH2P43246 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
MSH2P43246 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSH2P43246 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSH2P43246 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSH2P43246 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSH2P43246 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSH2P43246 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
MSH2P43246 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSH2P43246 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSH2P43246 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
MSH2P43246 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
MSH2P43246 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH2P43246 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH2P43246 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH2P43246 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH2P43246 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH2P43246 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH2P43246 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH2P43246 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH2P43246 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH2P43246 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH2P43246 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
MSH2P43246 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 RPS6KA2-201ENST00000265678 5824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
MSH2P43246 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
MSH2P43246 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
MSH2P43246 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
MSH2P43246 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH2P43246 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH2P43246 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH2P43246 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH2P43246 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH2P43246 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH2P43246 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH2P43246 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
MSH2P43246 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH2P43246 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH2P43246 COL15A1-205ENST00000610452 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH2P43246 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH2P43246 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH2P43246 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH2P43246 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH2P43246 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
MSH2P43246 RASGRP1-201ENST00000310803 5023 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms