Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.92■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 ATOX1-207ENST00000524142 749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.9■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.3
HOXD3P31249 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC16.87■□□□□ 0.29
HOXD3P31249 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.87■□□□□ 0.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms